第1集
昏暗的小道上，一辆车在浓浓大雾中前行。车辆里播放着新闻，男人总是感觉到车后有异常。男人停下车，接听了电话，对方催促他赶紧回来开会，随后那边吵闹起来挂断了他的电话。男人查看了四周并未发现异样，随后便继续驾车来到加油站，可身后突然疾驰过去几辆警车和救护车。
作为检察官的黄始木也来到案发现场，现场围了一圈警员和群众，这里在浓雾的笼罩下显得更加混乱。黄始木走上前去，两个警员正对着一双鞋议论，有些惋惜年轻什么的丧生。突然他们就发现了海上漂浮着的尸体，一位男生惊讶地看着，禁不住后退，撞到了黄始木也不自知。黄始木观察着四周，仿佛“看”到了当时事情发生的样貌。当时两个男生在海边玩耍，男生发生危难的时候自己刚好就将车停在路边，只是浓雾将他的视线遮住了。
韩汝珍正躺在床上玩手机，刷到了一对情侣在海边的照片，她觉得十分有趣。电视上突然播放了晚上的男生溺亡事件，她仔细一看，出事海滩正是情侣拍照的地方。第二天她来到警局上班，打开电脑，就刷到了那对情侣的照片，只是昨晚海滩的照片已经被删除了。韩汝珍想着有些不对劲，赶紧打电话给黄始木，询问他溺亡事件的具体情况。黄始木告诉韩汝珍，他们三个男生是初中同学，父母给他买车当做是上大学的礼物，所以应该是即兴开车出去海边玩的。只不过其中一个男生因为喝醉了才没有和另外两人一起去海边，最后是他报了警。可是当时海滩应该已经封闭，他们又是怎么进去的呢。黄始木说，也许在年轻人眼里，警戒线根本不算什么阻碍。可韩汝珍还是对警戒线存疑，回想起情侣的照片，她陷入了疑惑。到底是男生们将警戒线破坏的，还是情侣先破坏的。想来想去也想不明白。
韩汝珍扮成买物品的，在网上联系了昨晚在海边拍照的那对情侣，同时让人帮忙查出他们的信息。韩汝珍来到那人经常出入的酒店，此时黄始木返回昨晚的海滩检查警戒线。他慢慢走向海边，意外发现了一条被烧断的警戒线。韩汝珍顺着线索来到男子的家，可是里面却没有人回应。等了许久，厅长打电话来叫他们回去开会。他们前脚刚刚走，男子就驾车返回家中。韩汝珍随后也开车返回，得知对方是警察之后，男子明显表现出慌乱和紧张。提起昨晚的事情，男子情绪越发激动，竟然朝韩汝珍大吼。警员将男子带回警局询问，可对方什么也不肯透露。警员说他原来是用打火机截断的警戒线，男子听后冷笑一声，随即拨打了爸爸的电话。
韩汝珍被叫去开会了，对于她的迟到，厅长有些生气。介绍完自己手上案件的情况后，韩汝珍向厅长道歉，厅长佯装生气责怪她。开完会后，警员打电话告诉韩汝珍，男子已经被律师带走了。黄始木联系掌握的线索仔细思考，总觉得这些事情有所联系，他赶紧吩咐手下对那对情侣进行调查。车上，男子和女朋友因为照片的事情争执起来，女朋友责怪他将照片删除引来警方怀疑，可男子却表示不必大惊小怪，律师会搞定一切。律师让他们联系学生私下处理，这样才能免于被起诉。情侣和律师将学生约了出来，让他撒谎说没有在海滩见过情侣两人。学生在律师的冷言威胁下表示自己会保守秘密，随后便离开了。黄始木在家里收拾东西，同事就打电话来告诉他学生溺亡事件的进展。他说这件事情没有被起诉，黄始木有些不解。夜里，他还在想着这件事情。查看了起诉文件后，他发现了姜原哲的名字，那是那个没有去海滩的学生的名字。
秘密森林2第2集分集剧情介绍
黄始木被调到大检查厅 警检大战一触即发
黄始木始终觉得龙南海岸的案件并没有那么简单，他翻看案件档案，在情侣合照的信息上，发现情侣拍的最后一张照片接近晚上八点。此前，他走访调查得知，那晚度假村附近有居民在晚上八点左右听到了嘈杂的声音，而黄始木是开车经过海边的时间已经是八点十七分，度假村距离海边也仅仅只有两三分钟而已。黄始木觉得案件疑点众多，便打电话询问主任检察官柳时英。
韩汝珍在家里看到情报局局长被带走调查的新闻，她匆匆赶回警局，惊讶地发现被带走的局长居然是搜查局的人。韩汝珍询问团长，团长说警捡对立，还是自己调查比较好，还让韩汝珍将革新团的大小事情都汇报给自己。韩汝珍走后，团长打电话给于部长，将此事汇报。
韩汝珍接到黄始木的电话，对方告诉她，海岸案件不打算起诉。虽然韩汝珍也猜到这件事情会因为证据不足而不起诉，但却没有想到东部地检会这么快结案。第二天团长就十分隆重地来到受害者家，门口早已经聚集了大批记者。家属看到儿子的球鞋有些惊讶，因为他从来没有钱给儿子买这双鞋。家属拿出那天儿子发的图片，原本还是兴高采烈出去玩的，没想到发生了这样的事情。团长利用这个照片向媒体透露检察方迅速结案的事情，这个事情引发了上级部门的关注，也迅速商讨关于搜查令的调整。涉及案件的地检察长姜元澈接受了记者的访问，并表示写意见书的检察并不是担当检察。随后，姜元澈的手下也查出，这次写意见书的就是黄始木。
此时，黄始木驾车前往北忠洲，即将到达目的地的时候，有人打电话来让他暂时不要前进。黄始木将车停在路上，一直等到了傍晚。禹泰和部长发来名片，并着急让黄始木到大检查厅参加检警委员会讨论捡厅与警厅搜查权的纷争。黄始木赶来赴约，禹部长让他去参加委员会。虽然黄始木不是很理解，但还是答应了。晚上，他打开电脑搜索今天见面的禹部长，总觉得事情有蹊跷。第二天黄始木找到姜元澈地检长，询问他为何反对自己进入委员会。对方转移话题，说警察指定他去做咨询了。黄始木接着质问，为何凶手没有得到该有的处罚，姜元澈推辞说是因为证据不足。黄始木还是不肯放弃，继续说出自己的质疑。姜元澈无奈，拿出了成文日报，上面有对黄始木的诬陷，目的就是为了让他将矛头指向韩朝集团社长和成文日报社长。黄始木走前，姜元澈责怪是禹部长将自己的反对告诉他的，可黄始木却表示这只是自己的推理。
议政府地方检察厅徐东载来找禹部长，向其检举警察厅崔晖部长，他提到了一个叫做朴光洙的人，他曾是大田地检检察长的人。朴光洙是个滴酒不沾的人，却因为酒驾去世，他调查之后觉得崔晖和朴光洙的死有关。他还说出几年前警方办事不利的事情，说可以借此挽回检方这次丢失的颜面和威信。禹部长有些犹豫，但看到对方拿出一件件证据，他觉得这件事情可以考虑。徐东载离开办公室，正巧遇到了黄始木，他感到十分惊讶。毕竟这个地方可不是随随便便就能进来的，黄始木竟然比自己先来了。随后，禹部长将黄始木叫去，紧急召开了会议。此时，革新团这边也商讨着该派谁去参加协商会。
会议结束后，禹部长看到徐东载和黄始木似乎认识，便询问他，徐东载是否可靠。黄始木之前在大田和徐东载共事过，至于他靠不靠谱还得分事情。禹部长有些了然，但并没有将所要处理的事情告诉黄始木。然而黄始木自己发觉了异常，并查到了细谷派出所。黄始木在首尔还没有住的地方，便打电话让韩汝珍出来一起喝酒。韩汝珍赶来赴约，两人聊起各自的工作。得知黄始木正在刑事法制团工作，韩汝珍便询问他是否也要去参加警捡协商会。黄始木回答是的，这让韩汝珍有些不知所措，他们很有可能要在协商会上遇到并“各为其主”。黄始木问起海岸溺亡的案子，韩汝珍告诉他，是家属妥协没有上诉。黄始木继续问，家属是否受到了慰问金，因为他觉得家属不上诉可能和金钱挂钩。黄始木向韩汝珍打探细谷派出所的事情，可禹部长却突然打电话来，让他赶紧过去。
黄始木来到约定的地点，可外面却有两双鞋子，他看着其中一双鞋子，觉得十分眼熟。打开门后，果然看到了徐东载，而徐东载看到黄始木也有些惊讶。禹部长想让黄始木和徐东载合作，一起调查崔晖部长和朴光洙的死因。
