第1集你好
安德鲁斯医生对住院医生们进行了述职评估，他一一指出了他们的不足之处，他认为肖恩应增强与人沟通能力，布莱尔应该更加自信，摩根应加强团队意识。肖恩和贾里德被派遣到格拉斯曼建立的贫民窟移动医疗诊所，贾里德认为这是安德鲁斯医生对他们的流放，他们对流浪汉哈利的牙脓肿治疗时，肖恩怀疑他可能患有脑膜炎，肖恩竭力沟通哈利返回医院进一步检查，当肖恩和贾里德将哈利带回到医院接受治疗时，却遭到了安德鲁斯医生的反对。
PS：本集是上一季的常规演员卓库·莫度（饰演外科住院医生贾里德）的最后一次出演。
第2集妥协
肖恩发现医院清洁工保罗有罹患胰腺癌的迹象，请教梅伦德斯医生如何将这一情况告知保罗，梅伦德斯医生在初步观察后，肯定了肖恩的猜测，吩咐他对保罗进行化验检测，但在结果确认前暂时不要告诉保罗实情。保罗被诊断出胰腺癌晚期，仅剩一年的寿命。急诊室中，16岁的阿莎要求林医生对她进行阴唇整形手术，因为她的父母在她2岁时，对她实行了女性割礼。保罗最终因手术失败而死亡，肖恩在事后也学会了，如何向病人家属说出善意的谎言。
格拉斯曼在犹豫不决中躺上了手术台，医院最好的肿瘤医生布莱兹医生将为他主刀。莱亚突然回来了，她暂时和肖恩“同居”，但肖恩对她的回归并不开心。
第3集36小时
肖恩一大早向格拉斯曼宣布了好消息，他的脑部肿瘤手术很成功。肖恩和摩根被派往急症室，他们将进行36小时的值班，虽然会很辛苦，但他们也拥有了独立处理病情的机会。克莱尔在帮助梅伦德斯治疗吉娜的不孕不育问题时，向安德鲁斯抱怨繁重的时间表，希望能得到休息，但安德鲁斯却不同意，克莱尔重新加入研究小组时，梅伦德斯医生发现吉娜的子宫内膜病变已经扩散，病情恶化迫使他们考虑切除她的子宫，吉娜的丈夫拒绝决定是否同意手术，他希望布莱尔能够帮她做出决定。
肖恩向莱亚道歉，他不该粗暴地赶她走，但是满肚子怨气的莱亚不接受他的道歉，怒气冲冲地离开了。
第4集倔强的山雀
肖恩加入了梅伦德斯和朴的手术中，治疗一位肩膀被栅栏尖桩扎穿，患有脆骨症且智力残疾的14岁男孩麦克弗雷泽。尽管梅伦德斯同意让麦克出院，但很明显，他的母亲妮可希望麦克能在医院度过一个晚上，以便让她从对麦克不停歇的日夜看护中暂时解脱出来。但当朴建议妮可为他找一个家庭式安养院时，她却犹豫了。
凯蒂在徒手攀岩时摔下山崖，导致颈椎骨折，她的父母希望采用布莱尔医生的保守治疗方法，有限地修复她的颈椎，这让凯蒂今后无法继续攀岩运动，但可以平安的长大结婚生子。凯蒂显然不愿意放弃她的梦想，在一番争执之后，医生们最终采用了保守治疗。
格拉斯曼苏醒后出现了幻觉，他见到了自己已故的女儿曼蒂。在肖恩诚心诚意的道歉下，莱亚最终原谅了他，他们一起在公寓中欢唱。
第5集胡萝卜
肖恩发现一名膝盖手术患者韦德患有克罗恩病，这是一种肠道疾病，需要逆转他15年前的胃分流术，但是韦德不想告诉丈夫斯宾塞，他曾经体重超过三百磅，韦德要求医护人员隐瞒关于自己的胃分流术。
42岁的路易莎被推进急诊室时，克莱尔怀疑她的心脏病是由于厌食症造成的，但是长期的营养不良导致她无法完成手术后的康复治疗。布莱尔在医院内部审查会上推荐采用脑深层刺激手术，治疗路易莎的厌食症。在路易莎的强烈要求下，医生们同意了脑深层刺激手术的治疗方案。手术很成功，但布莱尔被踢出了梅伦德斯的医疗团队，因为她绕开梅伦德斯医生擅自接触病人。
格拉斯曼不愿意进行康复理疗，他的主治医生告诉肖恩，格拉斯曼需要一个能够长期陪伴他的人，肖恩想到了一个最佳人选。肖恩想要租一个带有壁炉的新公寓并和莱亚“同居”，但莱亚只是想和他做好朋友，而不是情侣。肖恩一再保证能够成为莱亚的好室友，他们的“同居”关系不会影响之间的友谊，莱亚最终同意了。
第6集双层
来自三藩市的小提琴家科尔女士因左食指感染而来到急诊室，摩根最初诊断为美甲引起的甲沟炎，肖恩在治疗时怀疑科尔被食肉菌感染，化验会威胁科尔的职业生涯，摩根极力反对这一做法。但活检结果证实了肖恩的猜测，科尔的手臂最终还是被截断，摩根十分的自责。
13岁的女孩莱莉因为鼻血不止而被父亲带到急诊室，她的父母认为莱莉是用自己的方式来试图拯救父母破裂的婚姻。然而莱莉突然咳血、胸痛、高烧，布莱尔怀疑她的支气管有肿瘤，建议林医生做个胸腔镜手术，医生们在征得莱莉父母的同意后，在莱莉的支气管中取出一片乐高碎屑。
肖恩有着严重的强迫症，这让莱亚十分抓狂，莱亚向肖恩发泄心中的怒火，却让肖恩十分的受伤。莱亚听从了格拉斯曼建议，试着和肖恩慢慢地磨合。
第7集休伯特
布莱尔的大学室友凯拉在一年前被诊断出卵巢癌晚期，在手术无效的情况下，为了缓解凯拉的疼痛，克莱尔向梅伦德斯医生提出了一项罕见的手术。手术中医生们发现凯拉可能有化疗的希望，这可以让凯拉的寿命延长6个月，但手术的风险很大。手术前，凯拉希望能撮合丈夫和布莱尔。
林医生移除了圣地亚哥前额的一颗钉子后，发现另一颗钉子刺穿了他的肾脏。手术中医生们刚准备移除受损肾脏时，却发现患者天生只有一个肾脏。肖恩和摩根要极力劝服圣地亚哥的弟弟捐出一颗肾脏。
肖恩和莱亚尝试共同养一只宠物，最终他们决定养一条金鱼，并取名休伯特。然而，第二天休伯特死了。
第8集故事
威廉姆斯夫妇出了车祸，丈夫托德因髋关节脱臼接受治疗，而妻子道恩却被发现意外流产，却由此引发了托德对妻子的信任危机，因为托德在婚前做过输精管切除术。肖恩在对道恩进行例行检查时，被道恩强吻了。肖恩和布莱尔由此发现，道恩的胸腔中有一个肿瘤，这是导致她出轨的元凶。
13岁男孩芬恩需要进行疝气手术，朴和摩根在术前检查中发现芬恩从未接种过疫苗。核磁共振检测发现芬恩存在先天性脊髓纵裂，随着芬恩的长大，他有截瘫的危险，但手术也可能让他四肢瘫痪。
青木敦促安德鲁斯院长鼓励梅伦德斯与克莱尔和解，让她留在圣博纳文图尔医院。格拉斯曼在化疗后似乎出现记忆力衰退的症状，他不愿意向医生承认这一事实，他私下向肖恩请求帮助。
第9集同情
乔治因长期服用抗雄性激素类，导致中风被送进急症室，布莱尔怀疑乔治是变性人，她劝说乔治停止服用该激素，乔治向克莱尔承认了服药的真实目的，他对自己的侄女产生了不该有的冲动，乔治请求医生们阉割掉自己的睾丸。
比利被人殴打导致眉骨断裂，朴医生想要同时修复他塌陷的额头，因为这个缺陷，导致他时常被人殴打，无法正常社交。
安德鲁斯院长将要在两天后，宣布主任医师的人选，梅伦德斯医生和林医生展开了明争暗斗，住院医们也开盘下注，然而安德鲁斯最终选择兼任。肖恩在莱亚的帮助下，克服了心理障碍，学会了如何开车。
第10集疫情（上）
圣诞节前夕，救护车送来两名马来西亚航班的患者，其中一名男患者抢救无效死亡，林医生和肖恩怀疑一种致命的病毒正在这架飞机中传播。幸存者玛丽安被隔离后，肖恩发现救护员泰勒也被感染了，随后玛丽安在隔离室中呼吸衰竭而死，死亡使得气氛更加紧张，医院的急症室开始执行全面隔离制度，禁止所有人进出。
坏消息接踵而来，林医生被感染了，摩根需要在她的指导下，为病人紧急开刀动手术，肖恩因坏灯泡的噪音干扰而崩溃，凯兰的哮喘病发作，隔离区的病人们慌乱不已。
白血病患者克里斯的心脏病突然发作，让梅伦德斯医生将骨髓移植手术提前一天进行，然而他们的骨髓捐献者被困隔离区。
第11集疫情（下）
朴医生为了拯救自己的儿子，不顾自己的性命和事业闯入隔离区。摩根在安德鲁斯院长的指导下，挽救林医生的生命。维奥拉的羊水破裂，这是她第一次生宝宝，也是肖恩第一次接生，他将在加西亚医生的指导下，首次单独做手术。肖恩尝试避免受到周围噪音的干扰而专注剖腹产。
梅伦德斯医生和克莱尔想办法挽救白血病患者克里斯，因为捐献者鲍勃不被允许进入隔离室，于是他们搭起了一个滑梯，把清洁工的房间和亚麻制品房间连接起来，并安全地在父子之间输送骨髓。克罗斯的移植手术很成功，但是鲍勃最终死于术后并发症。
在莱亚的坚持下，格拉斯曼告知肖恩关于脑膜炎的事情。
第12集余波
当安德鲁斯院长面临着公共卫生部对他对医院病毒爆发事件的调查时，肖恩和其他的医护人员正在尝试从这场磨难中恢复。莱亚强迫肖恩休假一天，她来电邀请肖恩和格拉斯曼来她公司吃午饭，并邀请他们玩卡丁车。摩根意外地邀请克莱尔去吃早午餐，救护员泰勒的死让摩根难以释怀，然而克莱尔母亲的新麻烦打断了她们的早餐。梅伦德斯医生监视着林医生的康复并讨论他们未来的关系。帕克邀请前妻米娅参加家庭活动，他希望能和米娅复合。与此同时，一名国家检查官质疑了安德鲁斯院长兼职了外科主任的职位，并对梅伦德斯医生、林医生和墨菲医生在隔离区期间的举动提出质疑，她将向州医学委员会建议吊销他们三人的行医执照。
在摩根的帮助下，克莱尔的母亲找到了自己的归宿。米娅同意尝试着和帕克复合。林医生希望能和梅伦德斯医生进行秘密约会。而肖恩惊讶地发现莱亚有了新男友。
第13集真心
70岁的李桑尼因心脏骤停被送入急诊室，她令人费解的测试结果导致梅伦德斯医生发现她有一颗机械心脏，桑尼的女儿特蕾莎表示母亲是在中国动的手术，研究小组试图联系北京的外科医生时，将桑尼空运至中国。桑尼的亲生女儿突然到来，刚一见到母亲，她们就发生激烈的争吵，导致桑尼再次昏迷，她需要立刻动手术。
拉娜患有脑动脉畸形，室友哈维将她送进医院，拉娜和哈维都是自闭症患者。脑手术可能导致拉娜无法开口说话，墨菲建议林医生在拉娜清醒时动手术，摩根希望哈维能在手术期间诱导拉娜讲话，但哈维一直逃避他和拉娜之间的感情，拒绝了摩根的提议。
第14集面容
当安德鲁斯院长和克莱尔正在考虑进一步修复16岁的莫莉严重受伤的脸时，林医生、摩根和亚历克斯迅速投入到另一个因严重车祸被送到急诊室的卡琳·廷德尔的手术中。当医生们确信救不了卡琳时，安德鲁斯院长向香农·廷德尔提出捐献她女儿的器官的事情，因为卡琳的心脏和其他重要器官严重受损，他建议把卡琳的脸移植到莫莉身上。尽管香农犹豫了一下，但克莱尔和摩根在电梯中提及并有意让她了解到关于受捐赠者的信息后，她改变了主意。
墨菲特意休假一天，以陪伴格拉斯曼。备受病痛折磨的格拉斯曼在穷极无聊之中，服用了大麻药片，本着研究精神的墨菲也试着吃了一片。嗨上头的两人，在屋子里打高尔夫球，屋内上下一片狼藉。并在一位好心的司机的帮助下，寻找格拉斯曼的高中初恋。
第15集抉择
安德鲁斯院长高薪外聘杰克森·韩医生为外科主任医生，并为他举办董事局小宴，但是韩医生拒绝了宴请，迅速投入到一场手术中，拯救一个在先天缺损的新生婴儿。作为一名天赋异禀但又要求苛刻的外科医生，韩医生在手术室中对肖恩和克莱尔进行了教学盘问。肖恩对婴儿父母的反馈，让韩医生对肖恩很不满意，但是当医生和父母准备放弃婴儿时，肖恩医生的非凡诊断挽救了婴儿的生命。
与此同时，当韩医生要求梅伦德斯医生亲自为医院的贵宾米内什戈雅进行全面体检，医生们在体检中发现了肿瘤。活检失败，梅伦德斯医生无法辨认出肿瘤是否为恶性，米内什戈雅最终决定自己掌控命运。
格拉斯曼在化疗室中，认识了一些病友。韩医生强行将肖恩调至病理科，这样可以扬长避短，发挥他非凡的诊断能力，避免他拙劣的社交能力。
第16集信仰
牧师克拉伦斯·特林拒绝在背部切除肿瘤后接受脊柱融合来减轻他的疼痛，因为他认为痛苦是上帝对他的惩罚。梅伦德斯和摩根的宗教背景让他们对克拉伦斯产生了同情，但不信奉上帝的克莱尔对此并不相信，因为这会加大手术的风险。
赛迪在登山前感到不适，她预感到自己将会死亡，核磁共振显示她患有晚期脑膜瘤。肖恩的检验结果否认了林医生的诊断，他极力向韩医生证明这一结果，希望回归外科，但韩医生更加坚定的认为把肖恩调至病理科是正确的。
肖恩努力接受他在病理学实验室的新任务，莱瓦医生热心地为肖恩介绍实验室的各项功能。肖恩的同事们以自己的方式向韩主任提出建议，希望能让肖恩回归外科。
第17集崩溃
特殊病人肯尼·格林身上有一个重达200多磅的神经纤维瘤，青木代表医院免费接收肯尼的治疗，梅伦德斯医生将以一个创新的手术帮助他切除超巨型肿瘤，这将是全体医生的一次教学式手术。手术中出现意外状况，梅伦德斯医生需要肖恩的天赋能力。在肖恩的诊断下，肯尼的手术得以完美完成，肖恩再次要求回归外科，但遭到韩医生的拒绝，情绪激动的肖恩和韩医生发生了冲突，最终被解雇。
林医生的大学同学劳拉带着孩子来到医院接受急诊，病理科的卡莉发现了孩子可能被虐待的证据，进一步的测试确定怀疑，尽管劳拉坚持称自己没有虐待孩子，但还是被逮捕了。肖恩在教学手术中获得了灵感，最终证实了劳拉并没有虐待孩子。
梅伦德斯医生和林医生发现他们的地下情似乎被肖恩意外发现了，他们感到万分紧张，并重新审视两人的恋爱关系。格拉斯曼的检测报告显示，他的癌症彻底治疗好了。
第18集蹦床
肖恩被解雇后，在一家酒吧中和扎克起了冲突，扎克踢伤了肖恩的肋骨，导致自身滑倒，头部撞在了地板上。肖恩不顾自己的伤势，带扎克去医院治疗。肖恩在看望扎克时，发现扎克被错诊了。但是，当肖恩说出一个疑似“蹦床”的单词后，便因内出血而昏倒。扎克出现紧急状况，医生们迫切地想要知道肖恩的诊断结果。
87岁的艾达接受腹部手术后即将出院时，摩根在例行检查后，发现了出乎意料的结果，帕克怀疑艾达是在假装症状以避免孤独。
梅伦德斯医生和林医生公开了他们之间的恋情。安德鲁斯院长在董事会上，他为了留下肖恩，出乎所有人意料地解雇了韩医生。肖恩穿着西装扎着领带，捧着鲜花和巧克力，邀请卡莉共进晚餐。病愈的格拉斯曼向黛比求婚。
